Jako každá léčba, i ketoterapie má své nežádoucí účinky.
Zažívací obtíže (zácpa, zvracení, střevní dyskomfort, bolesti břicha) patří mezi nejčastější. Postihují až polovinu pacientů na cKD, ve většině případů jsou ale mírné a lze je zvládnout úpravou jídelníčků či běžnými medikamenty.
Hyperlipidémie (zvýšené hodnoty triglyceridů a/nebo cholesterolu) je dle studií přítomna u 14-59% dětí na cKD, nicméně prvotní vzestup hodnot na několikanásobek normy se do 12 měsíců opět často normalizuje. Medikamentózní léčba proto obvykle není nutná. Zda hyperlipidémie zvyšuje riziko kardiovaskulárních chorob není jasné.
Nefrolithiáza (ledvinné kameny neboli konkrementy) se vyskytuje u 3-7% pacientů, zřídka však bývá důvodem k přerušení ketoterapie. Jako prevence tvorby ledvinných konkrementů se používají perorální citráty, např. Schollův roztok.
Negativní (ovšem minimální) dopad může mít KD na tělesný růst u mladších dětí, u starších dětí růstová křivka významně ovlivněna není.
Profil nežádoucích účinků při opravdu dlouholeté dietní léčbě nebyl dosud systematicky studován, byl však popsán zvýšený výskyt kostních zlomenin a ledvinných konkrementů (nikoliv ovšem hyperlipidémie).
U adolescentních dívek a mladých žen nutno zmínit poruchy hormonálního/menstruačního cyklu.
Přes obsáhlý výčet možných nežádoucích účinků (do kterých nutno zařadit ještě i vzácně popsané případy pankreatitidy a kardiomyopatie) bývá však ketoterapie tolerována až překvapivě dobře, obzvláště v případech 100% potlačení záchvatů J